Barry heeft het zwarte gat weten te stoppen, maar is door zijn ervaringen in seizoen 1 en het feit dat Ronny hierbij om het leven gekomen is nu erg op zichzelf. Een nieuw gevaar dient zich aan wanneer blijkt dat het zwarte gat de poort geopend heeft naar een parallel universum. Vanuit dit universum (Earth 2 genaamd) zijn 2 nieuwe mensen met supersnelheid naar Barry's wereld (Earth 1) gekomen; een andere Flash genaamd Jay Garrick en de superschurk Zoom. Zoom stuurt met regelmaat nieuwe metahumans vanuit Earth 2 naar Earth 1 om Barry te doden. Behalve van Jay Garrick krijgt Barry ook steun van de Dr. Harrison Wells van Earth 2, die volgens eigen zeggen verantwoordelijk is voor de creatie van Zoom. Maar in de midseizoensfinale overtuigd Zoom hem om Barry's krachten af te nemen, door hem te beloven dat hij zijn dochter terugkrijgt als hij hem helpt.